Com indica el nom, la Canonja fou la casa dels canonges i el centre d’administració, gestió i servei de la catedral. Segons el document fundacional datat l’any 1168, a la Canonja hi vivien 25 canonges amb una estructura molt jerarquitzada que seguien la regla de sant Agustí. Així doncs, la Canonja és la part més antiga de tot el conjunt catedralici.

L’edifici avui conservat és fruit d’un llarg procés constructiu que abasta des de finals del segle XII fins al segle XVI, període durant el qual s’anaren construint, ampliant i remodelant les diferents estances, ja que, a més de la casa dels canonges, la Canonja també va acollir Santa Maria l’Antiga, la Sala Capitular, l’Arxiu Notarial, la Llibreria o la Pia Almoina. 

L’aspecte actual, lluny de l’originari, és el d’un edifici totalment buit que mostra, com la resta de la catedral, les conseqüències de la seva transformació en caserna militar a partir de l’any 1707, en plena Guerra de Successió espanyola. Si t’hi fixes, en la nau principal on ara et trobes encara es poden veure els forats construïts en època militar per a l’embigat que compartimentava l’estança en dos pisos.

Mereixen una menció especial, però, les pintures murals provinents de la Pia Almoina i també les portes de la Sala Capitular i de Santa Maria l’Antiga, de comunicació amb el claustre i considerades el millor exponent del llenguatge renaixentista a les terres de Lleida.